Le 5 novembre 2019, précédant la journée du Gdr BioInformatique Moléculaire, s’est tenue une journée d’animation pour les 10 ans du groupe StatOmique.
Programme
Matin
10h00-10h15 Introduction de la matinée
10h15-10h40 Perrine Soret, retour d’expériences sur le clustering sur de données RNASeq
10h40-11h00 Luc Jouneau, présentation de la procédure de tests multiples ‘Independent hypothesis weighting (IHW)’
11h00-11h30 Marine Gauthier, Conditional cumulative distribution function estimation for differential gene expression analysis in single-cell RNA-seq data
11h30-12h00 Julie Aubert, présentation des ressources mises à disposition par le groupe StateoftheR
12h00-12h15 Laurent Duval, An epigenetic data processing bud @ StatOmique ? A novel collaborative subnetwork
Pause déjeuner
Après-midi
14h–14h15 Introduction à l’après-midi
14h15–15h15 Federico Marini, package Bioconductor iSEE(Interactive Summarized Experiment Explorer)
15h15-15h45 Cécile Chauvel, Evaluation of integrative clustering methods for the analysis of multi-omics data (//doi.org/10.1093/bib/bbz015)
Pause
16h15-16h45 Silvia Bottini, Clinical setting specific semi-supervised approach to model synthetic genomes of pregnant women to determine confidence intervals for NIPT
16h45-17h15 Mickael Guedj,Méthodes de repositionnement de médicaments à partir des big data biomédicales
Rétrospective : 10 ans de StatOmique (17h15-17h45)
Apéritif accompagné d’une session poster
Les supports sont disponibles sur la page de la journée www.gdr-bim.cnrs.fr/statomique_nov2019/
Références
Packages Bioconductor
ihw (Independent hypothesis weighting)
iSEE(Interactive Summarized Experiment Explorer)
Article
Evaluation of integrative clustering methods for the analysis of multi-omics data Cécile Chauvel, Alexei Novoloaca, Pierre Veyre, Frédéric Reynier, Jérémie Becker Briefings in Bioinformatics, Volume 21, Issue 2, March 2020, Pages 541–552 doi.org/10.1093/bib/bbz015